Starania o utworzenie w Krakowie uczelni górniczej oraz powołanie kadry naukowej rozpoczęły się w drugiej połowie XIX w. i nasiliły wraz z uzyskaniem przez Galicję autonomii w 1860 r. Powstało wówczas wiele projektów, w których rozpatrywano m.in. utworzenie samodzielnej akademii górniczej bądź wydziału górniczego przy politechnice we Lwowie lub przy Instytucie Technicznym w Krakowie.
Na początku XX w. grupa inżynierów i działaczy górniczych – pod przewodnictwem inż. Jana Zarańskiego, posła do austriackiej Rady Państwa – podjęła na nowo zabiegi zmierzające do powołania w Krakowie wyższej uczelni kształcącej w języku polskim kadrę dla górnictwa. Prowadzono także intensywne działania dyplomatyczne w Wiedniu, aby uzyskać przychylność rządu austriackiego.
Starania te zostały uwieńczone powodzeniem – 10 lipca 1912 r. władze Krakowa otrzymały informację o decyzji rządu ze zgodą na założenie w mieście akademii górniczej.
W kwietniu 1913 r. Ministerstwo Robót Publicznych w Wiedniu, któremu podlegały sprawy górnictwa, powołało Komitet Organizacyjny Akademii Górniczej w Krakowie.
Przewodniczącym komitetu został prof. Józef Morozewicz. Funkcję wiceprzewodniczącego objął Jan Zarański, który był także konsultantem ministerstwa do spraw nowej uczelni. 31 maja 1913 r. cesarz Franciszek Józef I podpisał dokument zatwierdzający utworzenie wyższej szkoły górniczej w Krakowie.
W tym samym roku zorganizowano konkurs na projekt gmachu akademii, który wygrał Sławomir Odrzywolski, przy współpracy z Adamem Ballenstedtem. Jesienią 1913 r. mianowano pierwszego profesora uczelni – Jana Zarańskiego.
Wybuch I wojny światowej uniemożliwił otwarcie uczelni i zainaugurowanie w niej w październiku 1914 r. pierwszego roku akademickiego.
W notatce z konferencji u prezydenta miasta Krakowa Juliusza Lea widnieje dopisek dotyczący Akademii Górniczej. Urzędnik magistratu, prawdopodobnie porządkując dokumenty, dopisał w rogu kartki na jednym z dokumentów: „Wskutek wybuchu wojny nie otwarto akademii górniczej, cała sprawa odroczona do spokojnych czasów, 21 marca 1915 r.”.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 r. Komitet Organizacyjny Akademii Górniczej wznowił prace.
8 kwietnia 1919 r. Rada Ministrów podjęła uchwałę w sprawie założenia i uruchomienia Akademii Górniczej w Krakowie.
Na wniosek Komitetu Organizacyjnego AG Naczelnik Państwa Józef Piłsudski mianował z dniem 1 maja 1919 r. sześciu profesorów: Władysława Gąsiorowskiego, Antoniego Hoborskiego, Kazimierza Klinga, Stefana Kreutza, Stanisława Płużańskiego i Jana Stocka.
Rektorem został mianowany prof. Stanisław Płużański, ale nie podjął obowiązków rektorskich ani profesorskich, gdyż w tym czasie pełnił funkcje doradcy w Głównym Urzędzie Zakupów dla Armii i z tego powodu otrzymał urlop od 1 lipca 1919 do końca września 1920 r.
Po uruchomieniu pierwszego roku studiów w krakowskiej Akademii Górniczej cały ciężar prac i obowiązków organizacyjnych wzięli na siebie profesorowie Józef Morozewicz i Antoni Hoborski, który został pierwszym dziekanem Wydziału Górniczego, pierwszym urzędującym rektorem (1920–1922) i kierownikiem Zakładu Matematyki (1919–1939). 20 października 1919 r. Naczelnik Państwa Józef Piłsudski dokonał uroczystego otwarcia Akademii Górniczej w auli Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Wznowiono prace nad budową gmachu. Przedwojenny projekt Sławomira Odrzywolskiego stanowił punkt wyjścia, a jako współprojektanta wybrano Wacława Krzyżanowskiego, który opracował elewacje oraz wnętrza.
15 czerwca 1923 r. odbyła się uroczystość położenia kamienia węgielnego pod budowę gmachu Akademii.
Od września 1929 r. do marca 1930 r. sukcesywnie wprowadzano do gmachu uczelni katedry oraz administrację uczelni, a w 1935 r. dokonano uroczystego poświęcenia budynku. Budowla swój ostateczny kształt uzyskała niedługo przed wybuchem wojny. Gmach Akademii Górniczej stanowi przykład nurtu akademickiego klasycyzmu modnego w latach 20. XX wieku w Polsce. Dekorację frontonu uzupełniły pomniki górników i hutników. Figury wykonane w 1935 r. były dziełem rzeźbiarza Jana Raszki. 24 sierpnia 1939 r. na szczycie budynku umieszczono figurę św. Barbary, którą wykonał Stefan Zbigniewicz
Najazd Niemiec na Polskę we wrześniu 1939 r. przerwał działalność uczelni. 6 września Kraków zajęły wojska niemieckie. Rozpoczęła się grabież mienia uczelni i przygotowywanie gmachu Akademii Górniczej na siedzibę tzw. rządu Generalnego Gubernatorstwa (niem. Regierung des Generalgouvernements, GG). W 1940 r. rzeźba św. Barbary została zrzucona z dachu budynku głównego i rozbita.
6 listopada 1939 r. zwołano ogólne zebranie profesorów UJ w celu poinformowania zebranych o poglądach niemieckich władz na sprawy nauki i szkolnictwa. W dniu tym o godz. 12.00 w sali nr 66 Collegium Novum zebrali się licznie profesorowie i wykładowcy. Budynek został otoczony przez gestapo, a zebrani aresztowani. Wśród aresztowanych znaleźli się również profesorowie Akademii Górniczej, którzy w tym czasie brali udział w zebraniu własnym, odbywającym się w sali posiedzeń Wydziału Filozoficznego UJ. Uwięziono 183 osoby spośród profesorów, docentów i asystentów Uniwersytetu Jagiellońskiego i Akademii Górniczej oraz wiele osób spoza Uniwersytetu.
Aresztowanych zatrzymano w więzieniu przy ul. Montelupich w Krakowie. Następnie przeniesiono ich do koszar przy ul. Mazowieckiej, a potem przewieziono do więzienia we Wrocławiu i w końcu do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen.
Wśród aresztowanych w tzw. „Sonderaktion Krakau” znaleźli się profesorowie: Zygmunt Sariusz-Bielski, Witold Budryk, Edmund Chromiński, Stefan Czarnocki, Iwan Feszczenko-Czopiwski, Roman Dawidowski, Stanisław Gołąb, Antoni Hoborski, Stanisław Jaskólski, Mieczysław Jeżewski, Aleksander Krupkowski, Adam Ludkiewicz, Izydor Stella-Sawicki, Wilhelm Staronka, Jan Studniarski, Władysław Takliński, Feliks Zalewski, docenci: Andrzej Bolewski, Mikołaj Czyżewski, Edward Windakiewicz, wykładowca Antoni Meyer, starszy asystent Julian Kamecki.
Po kilku dniach zwolniono profesora Iwana Feszczenko-Czopiwskiego i docenta Mikołaja Czyżewskiego, którzy byli obywatelami ukraińskimi. Ze względu na podeszły wiek zwolniony został także docent Edward Windakiewicz (miał wtedy 81 lat).
W obozie koncentracyjnym utracili życie:
9 lutego 1940 r. zwolniono starszych profesorów, a w obozie pozostali: Andrzej Bolewski, Stanisław Gołąb i Julian Kamecki. Przewieziono ich do obozu koncentracyjnego w Dachau i dopiero w ostatnim kwartale 1940 r. zwolniono. Zwolnienie profesorów AG było możliwe na skutek szerokiej akcji protestacyjnej prowadzonej przez środowiska naukowców całego świata.
Wśród ofiar zamordowanych przez NKWD na terenie Związku Radzieckiego w okresie kwiecień–maj 1940 r. znalazło się trzech pracowników Akademii Górniczej:
Pod niemieckim przymusem, ale za wiedzą i zgodą rządu polskiego w Londynie i władz podziemnych w Polsce, w 1943 r. do Katynia udało się kilkunastu Polaków, w tym m.in. pisarz Ferdynand Goetel (sekretarz Akademii Górniczej w latach 1920–1925, brat prof. Walerego Goetla). Komisje potwierdziły, że zbrodnia na polskich oficerach jest dziełem Sowietów. Po wojnie Ferdynand Goetel był dla Sowietów jednym z najbardziej niewygodnych świadków zbrodni katyńskiej.
Dzięki ofiarności pracowników Akademii Górniczej udało się uratować księgozbiór Biblioteki Głównej i zdeponować go w Bibliotece Jagiellońskiej. Działalność Akademii zeszła do konspiracyjnego podziemia, a władze rektorskie starały się odzyskać lub stworzyć prowizoryczną bazę lokalową i materiałową.
Za zgodą okupanta we wrześniu 1940 r. w budynku na Krzemionkach (Podgórze) będącym w dyspozycji AG uruchomiono średnią Państwową Szkołę Górniczo-Hutniczo-Mierniczą (Staatliche Fachschule für Berg- Hütten- und Vermessungswesen) z polskim językiem wykładowym. Dyrektorem szkoły został prof. Walery Goetel, a nauczycielami profesorowie zamkniętej AG. Profesorowie i asystenci zaangażowali się również w tajne nauczanie, prowadząc wykłady i ćwiczenia dla studentów AG. W toku tajnego nauczania przeprowadzono 278 egzaminów kursowych i 16 przewodów dyplomowych.